Chromas

Chromas是一款非常专业的dnf序列分析软件，通过Chromas可以打开ab1、scf、ztr格式的图谱文件，通过Chromas可以对这些图谱进行有效的分析，软件支持自动删除低质量序列和矢量序列，同时软件还支持将图谱进行格式转换，从而方便使用其它软件打开，有需要的可以下载使用。

功能介绍

1、从Applied Biosystems DNA测序仪打开.ab1色谱图文件。

2、打开由其他序列发生器创建或从数据库检索的SCF和ZTR格式色谱图文件。

3、保存为.scf或Applied Biosystems .ab1格式。

4、打印色谱图，其中包含缩放或适合一页的选项。

5、自动删除低质量序列(当质量数据可用时)或矢量序列。

6、以纯文本，FASTA，FASTQ，EMBL，GenBank或??GCG格式导出序列，或使用基本编号格式化以进行演示。

7、将序列以纯文本，FASTA或FASTQ格式复制到剪贴板，以粘贴到其他应用程序中。

8、反转和补充序列和色谱图。

9、通过精确匹配或*佳对齐搜索子序列。

10、显示3帧中的翻译以及序列。

11、复制色谱图部分的图像以粘贴到文档或演示文稿中。

12、批处理，包括格式转换，带矢量删除的序列导出，批量打印和原始数据的批量导出。

13、使用Nucleics Pty Ltd的PeakTrace RP组件增强.ab1文件，以提高峰值可读性并提取更多高质量的基础。

使用方法

1、选择File菜单打开一个序列文件，或者直接通过Open打开。

2、一般测序中一个反应大概能测的长度为800左右，由于荧光染料的干扰和机器性能，测序结果在*开始和最后面的时候有几十个碱基不准确，如下图中红框的部分。评判测序结果的时候可以忽略前50个和后50个碱基。

3、我们通过工具栏的缩放工具，可以放大或者缩小整个视图：

通过上图可以看出，不同碱基对应不同的颜色。

4、通过工具栏的“Find'工具，可以查找某个序列：

5、通过“File”菜单栏的Blast Search可以直接连接在线数据库，将序列进行Blast，省去了我们打开NCBI等数据库然后复制序列再比对的麻烦：

点击OK之后出现如下界面，然后点击“View report”即可。

6、Chromas还自带序列翻译蛋白质功能，点击“Options->Show Translations->All”显示三条蛋白质翻译序列。这里之所以显示三条，是因为Chromas不知道你的序列翻译的起始位点，所以如果你的序列是cDNA序列，那么这三条蛋白质序列中总有一条是你想要的，这在我们做蛋白质点突变的时候非常有用。当然如果你的是启动子等其他序列，这个功能是多余的。

7、我们可以将序列导出，并且可以设置导出的间隔、分行、以及是否显示序号，下面的设置中代表每60个碱基一行。

8、当然可能会有同学想说，如果我想把测序峰图放在文章中，我该怎么弄?Chromas没有存储为图片的选项，这时可能有同学就想用截图了，这里Chromas可以存储为PDF格式，在“File”里面选择Print 预览，然后选择PDF即可。

导出来之后就得到PDF格式的峰图了，这是矢量图，可以无限放大。然后通过Photoshop做出所需要的图片。

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